El día 2 de junio de 2016 se celebró una asamblea común de todas los Comisiones Delegadas de los Consejos de los Institutos para realizar el Plan Director (sesión 1), que incluyó una presentación del Vicerrector de Investigación; la asunción de Misión, Visión y Valores de la Universidad; y una reflexión sobre los Objetivos Estratégicos de la UCA, y los objetivos y compromisos firmados por los Institutos.

A esta reunión le siguieron otras dos sesiones de trabajo, una celebrada el 22 de junio de 2016, y la siguiente el 13 julio de 2016, en la que el IMEYMAT, junto con el Vicerrectorado de Investigación, elaboraron un diagnóstico interno y externo de la situación del Instituto, los retos para el periodo 2017-2019, y una propuesta de actuaciones con su cuadro de seguimiento. Todas las sesiones fueron supervisadas por la Delegación del Rector para II PEUCA, que fomentaron la realización de un proceso participativo y asesorado en su metodología.